Har du bokat allt som en enda resa så ska det vara lugnt, bolaget/bolagen ser till att du kommer fram. Som jag tolkar det flyger du A - Dubai - B, gå in på Emirates och sök på flighter Dubai - B samma dag som du ska flyga. Då ser du om det går något mer flyg senare samma dag. Antagligen blir du vid försening flyttad till det flyget eller något alliansbolags flyg, i värsta fall får du vänta till dagen efter.
För övrigt har EUs flygpassagerare vissa rättigheter, angående ersättning mm.