Generellt brukar kapselhotell vara väldigt billiga, men snäppet billigare är typ youth hostels. Dessa borde dock komma fram på de vanliga söksidorna. Själv använder jag alltid booking.com (som för övrigt har prisgaranti) och har bland annat bott i Tokyo för 2000 yen per natt (eget rum, delad toa/dusch). Gjorde en snabbt sökning på booking.com och hittade tex det här kapselhotellet precis intill Kanda-stationen (Yamanote-sen) för 130 kronor per natt:
http://www.booking.com/hotel/jp/capsulevalue-kanda.en-us.html?sid=3ff952...

Min erfarenhet är för övrigt, av någon lustig anledning, att det är billigare att boka japanska hotell på utländska sidor än på inhemska sidor.