Resvägen i sig har jag ingen aning om hur ni bör göra för det finns så mycket och olika saker på olika platser. Hur ni väl reser beror ju på hur ni vill resa, "se" en massa men med tempo eller lära känna några städer mer specifikt.
Lima är inte en farlig stad i sig, hur ofta det än behöver upprepas så är det alltid var-när-hur-med vem- som är att anpassa sig till. Är ni två blir det genast lättare. Eller svårare, hehe. Om det finns fördelar med att flyga till Lima så avskräcks inte från staden p g a kriminalitet, för staden är en knyt-punkt till många andra platser i Peru. Men det är inte en stad att spendera allt för mycket tid i, så använd den som hub om ni behöver. Lycka till med resan!