I februari 2002 ingick parterna ett avtal om en ömsesidig vapenvila, men de fredsförhandlingar som inleddes i samband med vapenvilan avbröts våren 2003. Våldet mellan de båda parterna eskalerade kring årsskiftet 2005-2006 och under 2006 inledde regeringsstyrkor en massiv offensiv i landets norra och östra delar. Regeringens styrkor lyckades under 2007 ta kontroll över i stort sett hela den östra provinsen. I januari 2008 sade regeringen formellt att den drog sig tillbaka från avtalet om vapenvila och i januari 2009 lyckades regeringsstyrkor ta kontroll över LTTE:s administrativa huvudstad Kilinochchi och hela elefantpasset som förbinder Jaffnahalvön med resten av Sri Lanka.
Den 18 maj 2009 meddelande Sri Lankas armé att inbördeskriget äntligen tagit slut. Velupillai Prabhakaran, ledaren för LTTE, har enligt uppgifter hittats död.