Det är billigare om du bara kör med ett vanligt Suica/Pasmo kort, JR Pass är sjukt ovärt om du bara ska vara i Tokyo.
1000 per dag är mer än tillräckligt för mat och nöjen, särskilt om man inte dricker. Fast sen beror det även på vad och hur mycket du köper. Tycker du om anime, spel och sånt så är det väl lätt att man spränger bort alla sina pengar i Akihabara.
Om du är intresserad av mode så är Shimo-Kitazawa och Harajuku rätt soft. När hade du tänkt åka till Japan ens? Kolla upp Grutt Pass, man betalar 2000 yen och får 'gratis' inträde på flera museum, men den säljs bara under en viss period.
Har tyvärr inga rekommendationer angående hotell, men AirBnB kan väl vara värt att kolla upp. Borde finnas rätt schyssta lägenheter som är rätt billiga, sen lånar vissa ut Pocket WiFi också.