Själv är jag fysiker och kan säga att dina farhågor om kontaminerad mat inte är något annat än rent trams, men vill du göra ditt liv omständligt samt slösa en massa pengar pga fantasimonster så är det ditt problem.

Importerat vatten går utmärkt att köpa på flaska (tex har jag sett Evian och Fiji, men jag köper aldrig vatten på flaska så jag kan inte säga exakt vilka märken som finns). De kostar ungefär 100-200 yen per liter, men går säkert att få lite billigare om man köper i bulk. Kolla in rakuten.co.jp

För protein kan du nog köpa vilka jordnötter som helst (mig veterligen har de ingen större inhemsk jordnötsproduktion, utan de lär nog komma från USA). Alternativt kan du köpa europeisk ost som säljes överallt. Det blir dock dyrt. Proteinpulver från Don Quijote kan nog vara bland det billigaste, om du inte står ut med jordnötter varje dag.

Grönsaker blir nog väldigt svårt om du måste ha just europeiska. Generellt sett så har Japan en väldigt protektionistisk politik, där de sätter skyhöga tullar på jordbruksprodukter för att skydda sina egna bönder (och folk klagar på att Trump har infört några små tariffer för att likställa USA mer med övriga västvärlden, :lol. Förutom att det med jämna mellanrum leder till brist på basvaror som ris, så gör det också att jordbruksprodukter, såväl inhemskt producerad som importerad, generellt sett blir väldigt dyr. Skall du sedan ha någonting så speciellt som europeiskt producerade grönsaker... om det finns så kommer det ruinera dig.

EDIT
Förresten, jag hoppas iaf att du anammar den japanska kulturen att sova på en futon på golvet, ty annars kommer en onryo flytta in under din säng och göra dina nätter till ett helvete.