Ja, men är du osäker är det lättaste att helt enkelt googla på linjen som nämnes där, så får du fram en Wiki-sida där det tydligt står om det är JR eller annat.

Själv föredrar jag JR eftersom man tenderar att åka över mark och får se staden, men ofta är tunnelbanan snabbare. Går tågen över mark kan du räkna med att det är JR vid den stationen, medan tunnelbanan går under mark... Ett flertal stationer knyter dock ihop både och.

Hur som helst, sluta oroa dig. Att ta sig runt är det minsta problemet i Tokyo, även som utlänning. Ett större problem är, vad skall man köpa? vad skall man äta? vad skall man se? (givet det oändliga utbudet av allt och den begränsade tid man är där)